De JR Tokio ligt in het hart van het Japanse spoorwegnet, zoals het op de JR-kaart Tokio wordt genoemd, en exploiteert een groot deel van de intercityspoordiensten (waaronder de hogesnelheidslijnen van Shinkansen) en de forensenspoordiensten. Er wordt nog steeds een sterk onderscheid gemaakt tussen JR en andere particuliere spoorwegmaatschappijen; zo worden de twee over het algemeen verschillend aangeduid op de kaarten van JR Tokio.

 

De JR Tokio groep bestaat uit zeven werkmaatschappijen en twee andere bedrijven die geen spoordiensten leveren zoals je kunt zien op de JR kaart Tokio. De werkmaatschappijen in JR Tokio zijn georganiseerd in zes personenvervoerders en een landelijk opererende goederenvervoerder. In tegenstelling tot sommige andere groepen van bedrijven, bestaat de JR Group Tokyo uit onafhankelijke bedrijven, en het heeft geen groepshoofdkwartier of een holding om het algemene bedrijfsbeleid te bepalen.

 

Om de verschillende niet-spoorweg business gebieden te bestrijken, heeft elke regionale exploitant in de JR Group of Tokyo zijn eigen groep van dochterondernemingen met namen als "JR East Group" en "JR Shikoku Group" zoals weergegeven op de JR map Tokyo. JR Tokio onderhoudt een landelijk spoorwegnet en gemeenschappelijke ticketregels die het van JNR heeft geërfd. Passagiers kunnen over verschillende JR maatschappijen reizen zonder te hoeven overstappen en zonder aparte tickets te kopen. Treinen die over de grenzen van JR maatschappijen rijden zijn echter gereduceerd.